با پیروزی انقلاب اسلامی، تکاپوی مجاهدین برای نفوذ و ضربه زدن بیشتر شد؛ آن ها با تجهیز خود در روزهای منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی یک برنامه بلندمدت را کلید زدند و طی سال‌های بعد به طور کامل رودرروی مردم ایران قرار گرفتند. در این بین، منافقین یک حامی اصلی در داخل کشور داشتند؛ نهضت‌آزادی به دبیرکلی مهندس مهدی بازرگان که اقدامات مشکوک سازمان منافقین را در کمیته استقبال از امام خمینی دیده بودند ولی باز در تمام مواقع پشتیبان مجاهدین بود و از آن ها حمایت می‌کرد و آنها را همانند «فرزند» خود پرورش می دادند.
بنابر شواهد تاریخی به وضوح می توان دریافت که مجاهدین از لا به لای اندیشه‌ها و مبانی فکری نهضت‌آزادی متولد شدند. سازمان مجاهدین خلق (منافقین) در نخستین بیانیه خود در ۲۰ بهمن ۱۳۵۰ اعلام کرد: «هسته اولیه سازمان که هم‌اکنون برای اولین بار نام آن را فاش می‌کنیم در ۶ سال قبل و با شرکت برخی کادرهای سابق نهضت آزادی ایران؛ به شکل مخفی بنیاد یافت.»
طی سال‌های بعد، مهدی بازرگان هم مجاهدین را فرزندان نهضت‌آزادی خواند و بی‌پرده گفت: «مجاهدین خلق! شما فرزندان نهضت آزادی هستید، در سال ۱۳۴۴ که در زندان بودیم، به دنیا آمدید و راه خود را در پیش گرفتید. بدون آنکه از خانه فرار کرده یا اخراج شده باشید. مبانی فکری و تعلیمات اولیه شما را کتاب‌ها و بحث و تحلیل و تجربیاتی که از نهضت گرفتید، تشکیل می‌داد.»
حمایت بازرگان که به عنوان چهره ای متدین شناخته می‌شد، از سازمان مجاهدین، حتی بعد از گرایش آنها به مارکسیسم ادامه یافت. آنها نه تنها در جریان مراسم استقبال از امام خمینی کوشیدند به روش‌های مختلف به مجاهدین میدان بدهند، بلکه بعد از پیروزی انقلاب هم مشی حمایتی خود از مجاهدین را ادامه دادند.
حمایت بازرگان از مسعود رجوی، سرکرده سازمان مجاهدین در انتخابات مجلس اول شورای اسلامی نمونه بارز این ادعا است. بازرگان طی اطلاعیه‌ای که در ۱۶ اسفند ۱۳۵۹ صادر شد، عنوان کرده بود: «خواهران و برادران همشهری تهران و حومه، در این موقع که ملت شرافتمند و قهرمان عزیز برای دور دوم انتخابات به پای صندوق‌ها می‌روند برای تامین وحدت و حقوق گروه‌های اقلیت امیدواریم آقای مسعود رجوی که معرف جناح پرشوری از جوانان با ایمان می‌باشد نیز به مجلس راه یافته، موفق به همکاری صادقانه با گروه‌هایی با حسن‌نیت و در خدمت به خدا و خلق بشود.»
