روابط عمومی آستان قدس رضوی(ع) در واکنش به اظهارات علی مطهری درباره مالیات آستان قدس جوابیه‌ای صادر کرد.
در خصوص شرکتها و مؤسسات وابسته به آستان قدس، از آنجا که قاطبه آنها ریشه وقفی دارند طبق نظر امام(ره) معاف از مالیات هستند. در اواسط دهه 60 حضرت امام خمینی(ره) شفاهاً به نخست وزیر وقت دستور داده بودند که نباید از آستان قدس مالیات گرفته شود. در 20 فروردین 1368 نیز حضرت امام در پاسخ به نامه تولیت فقید مرحوم آیت الله واعظ طبسی در خصوص معافیت مالیات آستان قدس، این‌گونه دستور دادند:
«بسمه تعالی
جناب آقای موسوی، نخست وزیر محترم
همان‌طور که قبلاً گفته‌ام آستان قدس رضوی و شرکتها و مؤسسات وابسته از پرداخت هر گونه مالیاتی معاف می‌باشند. نظر اینجانب را به مقامات ذی‌ربط ابلاغ نمایید.
20/ 1/ 68 روح‌اللّه الموسوی الخمینی»
همان‌گونه که ملاحظه می‌شود دستور حضرت امام(ره) در این زمینه کاملاً شفاف و روشن است و جای هیچ گونه تفسیر و تأویلی ندارد.
در سال 1395 نیز آیت الله رئیسی تولیت محترم آستان طی نامه‌ای خطاب به مقام معظم رهبری در خصوص ادامه معافیت‌های مالیاتی شرکت‌های آستان قدس از ایشان استعلام کردند که معظم‌له در پاسخ مرقوم فرمودند:
«در خصوص معافیت مالیاتی آستان قدس و شرکتها و مؤسسات وابسته، نظر همان است که قبلاً نیز گفته شده، نظر مبارک حضرت امام راحل(ره) نیز بر همین منهج بوده که درآمدهای آستان و شرکتها و مؤسسات وابسته از هرگونه مالیات معاف می‌باشند. البته این حکم شامل مالیاتهای تکلیفی و مالیات بر ارزش افزوده نمی‌شود».
