بازرگان کابینه موقت خود را بیشتر از اعضای نهضت آزادی و جبهه ملی انتخاب کرد. دولت موقت از همان ابتدای روی کار آمدن به دلیل نوع رویکردهای خود و اختلاف اساسی این رویکردها با اصول انقلاب اسلامی و شرع مقدس اسلام، با بحث‌ها و حرف و حدیث‌های فراوانی روبه‌رو بود و در نتیجه نتوانست مورد قبول مسئولان انقلاب اسلامی واقع شود. برای مثال امام(ره) در پاسخ به نامه على‌اكبر محتشمى وزير كشور در بهمن ماه 1366 درباره عملکرد نهضت آزادى، می‌نویسند:«در موضوع نهضت به اصطلاح آزادى، مسايل فراوانى است كه بررسى آن محتاج به وقت زيـاد اسـت. آنـچه بايد اجمالا گفت آن است كه پرونده اين نهضت و همين‌طور عملكرد آن در دولت مـوقـت اول انـقـلاب شـهـادت مـى‌دهـد كـه نـهـضـت بـه اصـطـلاح آزادى طرفدار جدى وابستگى كشور ايران به امريكا است و در اين باره از هيچ كوششى فروگذار نكرده است و حـمـل بـه صـحـت اگـر داشـتـه بـاشـد آن است كه شايد آمريكاى جهانخوار را كه هر چه بدبختى ملت مظلوم ايران و ساير ملت‌هاى تحت سلطه او دارند از ستمكارى اوست بهتر از شوروى ملحد مى‌دانند و اين از اشتباهات آنها است.
در هر صورت به حسب اين پرونده‌هاى قطور و نيز ملاقات‌هاى مكرر اعضاى نهضت چه در منازل خودشان و چه در سفارت آمريكا و به حسب آنچه من مشاهده كردم از انحرافات آنها كه اگـر خـداى مـتـعالى عنايت نفرموده بود و مدتى در حكومت موقت باقى مانده بودند ملت‌هاى مـظلوم به ويژه ملت عزيز ما اكنون در زير چنگال آمريكا و مستشاران او دست و پا مى‌زدند و اسـلام عـزيـز چنان سيلى از اين ستمكاران مى‌خورد كه قرن‌ها سربلند نمى‌كرد و به حـسـب امـور بسيار ديگر نهضت به اصطلاح آزادى صلاحيت براى هيچ امرى از امور دولتى يـا قـانـونـگـذارى يـا قـضـايى را ندارند و ضرر آنها به اعتبار آن كه متظاهر به اسلام هـستند و با اين حربه جوانان عزيز ما را منحرف خواهند كرد و نيز با دخالت بى مورد در تفسير قرآن كريم و احاديث شريفه و تاويل‌هاى جاهلانه موجب فساد عظيم ممكن است شوند از ضـرر گـروهـك‌هـاى ديـگر حتى منافقين (اين فرزندان عزيز مهندس بازرگان) بيشتر و بالاتر است.
«نهضت آزادی» و افراد آن از اسلام اطلاعی ندارند و با فقه اسلامی آشنا نیستند. از این جهت، گفتار‌ها و نوشتار‌های آنها که منتشر کردهاند مستلزم آن است که دستورات حضرت مولی‌الموالی امیر‌المؤمنین را در نصب ولات و اجرای تعزیرات حکومتی که گاهی بر خلاف احکام اولیه و ثانویه اسلام است، بر خلاف اسلام دانسته و آن بزرگوار را – نعوذ باللَّه- تخطئه [نمایند]، بلکه مرتد بدانند! و یا آنکه همه این امور را از وحی الهی بدانند که آن هم بر خلاف ضرورت اسلام است. نتیجه آنکه نهضت به اصطلاح آزادی و افراد آن، چون موجب گمراهی بسیاری از کسانی که بیاطلاع از مقاصد شوم آنان هستند میگردند، باید با آنها برخورد قاطعانه شود، و نباید رسمیت داشته باشند؛ و السلام علی من اتبع الهدی. توفیق جنابعالی را از خداوند تعالی خواستارم. روح الله الموسوی الخمینی» (صحیفه امام، جلد ۲۱، صفحات ۴۸۱ و ۴۸۲)
بنابر بیانات حضرت امام(ره) درباره عملکرد دولت موقت و نوع دیدگاههای اعضای کابینه بازرگان، ایشان به هیچ وجه از عملکرد 9 ماهه دولت موقت رضایت نداشتند. کابینه دولت موقت سرانجام در جریان تسخیر لانه جاسوسی به دست دانشجویان پیرو خط امام (ره)، در 14 آبان 1358 استعفا داد و به این ترتیب دوره 275 روزه دولت بازرگان که به فرموده امام راحل عظیم الشان (رضوان الله تعالی علیه) آشنایی و اطلاعی از اسلام و فقه اسلامی نداشتند، پایان یافت.
