بودجه شورای نگهبان از حدود 23 میلیارد و 800 میلیون تومان در لایحه بودجه سال 87 به 105 میلیارد و 790 میلیون تومان در لایحه بودجه سال 97 رسیده است. موضوعی که نشان می دهد، بودجه این شورا طی حدود 10 سال بیش از 4 برابر افزایش پیدا کرده است.تا سال ٩٠ بودجه شورای نگهبان در ردیف ١٠١٦٠٠ به طور میانگین رشدی سه تا چهار درصدی داشته است، اما از سال ٩٠ به بعد این رشد دو رقمی میشود و حتی سال ٩٤ بودجه این نهاد افزایش٩٩ درصدی را تجربه میکند که البته توجیه آن، برگزاری دو انتخابات همزمان مجلس شورای اسلامی و مجلس خبرگان رهبری در آن سال بوده است. اما نکته تأملبرانگیز این است که سال بعد، یعنی ٩٥، در شرایطی که انتخاباتی در کار نبوده، باز با رشدی ٢١ درصدی مواجه میشود و این مسئله در سال ٩٦ و ٩٧ نیز تکرار میشود؛
«بهرام پارسایی» نماینده شیراز و عضو کمیسیون اصل 90 عنوان کرده مشکل جامعه ما این است که استقلال از مسئولین مخصوصا نماینده ها گرفته شده است و این دغدغه وجود دارد که اگر با بودجه شورای نگهبان مخالفت کنند »