پس از موضعگیری رئیس جمهوری منتخب آمریکا در مخالفت با برجام, و بالا گرفتن اختلاف های بین جناح‌های مختلف, روز سه‌شنبه، ٦ دسامبر، مصادف با ١٦ آذر، روز دانشجو، حسن روحانی، گفت تمامی مراحل دستیابی به برجام با مشورت و براساس نظر رهبر جمهوری اسلامی صورت گرفته است. وی همچنین گفته است که هیئت نظارت بر برجام فردا مصوبه اخیر کنگره آمریکا در مورد تمدید تحریم‌های سابق علیه جمهوری اسلامی را بررسی خواهد کرد.
وی در مورد روند مذاکرات هسته‌ای گفت: “هیچ قدمی در برجام برنداشتیم مگر آنکه با مقام معظم رهبری مشورت کردیم، جلسه گذاشتیم، نامه‌های مکتوب ایشان و دستور من روی نامه‌های ایشان موجود است و هیچ نامه‌ای از رهبری نبوده که روی آن دستور ندهم.” وی در عین حال افزود “البته ممکن است در مقام عمل، جایی کم و کسر باشد اما مبنای ما، اجرای دستورات ایشان بود.”
پس از اعلام دستیابی به توافق هسته‌ای، برخی از مقامات و رسانه‌های منتقد دولت، گفتند که نمایندگان ایران در پذیرش برجام، در برابر از دست دادن “دستاوردهای هسته‌ای جمهوری اسلامی” امتیازات چندانی به دست نیاوردند. آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، نیز در مواردی از کاستی‌های توافق هسته‌ای ابراز نارضایتی کرده است.
روحانی به عنوان مثال، به یک مورد مربوط به نظارت خامنه‌ای در جریان مذاکرات هسته‌ای اشاره کرد و گفت که در پی این دستور، هیات مذاکره کننده ایران را به تهران فراخواند و دستور را به آنان ابلاغ کرد. وی گفت که در جریان دستیابی به برجام، ساعت‌ها جلسه با رهبر جمهوری اسلامی برگزار می‌شد و افزود که “روزی اینها منتشر می‌شود.”
