علی خامنه‌ای، رهبر رژیم حاکم بر ایران به مسئولان این وزارتخانه علوم هشدار داد که مانع فعالیت جریان‌های سیاسی در دانشگاه‌ها شوند.
بنا بر گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی خامنه‌ای روز چهارشنبه، ۱۱ تیر، در سخنانی در جمع تعدادی از اساتید دانشگاه‌های ایران تاکید کرده استکه نباید «آرامش دانشگاه‌ها» مختل شود که در غیر این صورت «حرکت علمی کشور متوقف خواهد شد».
به گفته او، «تبدیل دانشگاه‌ها به باشگاه‌های سیاسی سم مهلکی برای حرکت علمی کشور است و متاسفانه در دوره‌ای شاهد این پدیده زیان‌بار بودیم».
این گزارش اگرچه نمی‌گوید که منظور آقای خامنه‌ای کدام دوره خاص است، اما به نظر می رسد اشاره وی به دوران ریاست جمهوری محمد خاتمی معروف به دوره اصلاحات باشد.
یکی از بزرگترین ناآرامی‌ها در دانشگاه‌های ایران در ۱۸ تیرماه ۱۳۷۸ رخ داد که با توقیف روزنامه اصلاح‌طلب «سلام» آغاز شد و به اعتراض دانشجویان و تقابل گروه‌های فشار با آنان انجامید، اعتراضاتی که در نهایت از دانشگاه هم فراتر رفت و به سطح پایتخت کشیده شد.
بنا بر گزارشهای متعدد برخی نمایندگان محافظه‌کار مجلس شورای اسلامی از وزیر علوم ایران شدت یافته است.
یکی از شرط‌های نمایندگان محافظه‌کار مجلس برای رای اعتماد به وزرای پیشنهادی حسن روحانی برای وزارت علوم نیز اعلام برائت آنها از معترضان سال ۱۳۸۸ بود. اما در هفته‌های اخیر انتقاد برخی از این نمایندگان از رضا فرجی‌دانا، وزیر علوم افزایش یافته است چنان که او را متهم می‌کنند با عزل و نصب‌های خود در وزارت علوم، راه را برای معترضان سال ۱۳۸۸ باز کرده است.
این گزارش میافزاید که خامنه‌ای خاطرنشان ساخته که «این مسئله با تبدیل مراکز علمی به جولانگاه جریان‌های سیاسی تفاوت دارد» و «مسئولان ذیربط و مدیران دانشگاه‌ها باید با جدیت از تبدیل مراکز علمی به محل جولان و فعالیت‌های جریان‌های سیاسی جلوگیری کنند».
وی همچنین «توقف حرکت علمی کشور» را از «نقشه‌های اصلی دشمنان نظام اسلامی» دانسته و گفته است: «برخی در خصوص استفاده از کلمه دشمن و تکرار آن، حساسیت دارند در حالی که در قرآن کریم نیز بارها کلمه‌های شیطان و ابلیس تکرار شده که پیام آن، غافل نشدن از شیطان و دشمن است. تکیه بر موضوع دشمن به معنای توجه نکردن به مشکلات و عیوب داخلی نیست اما غفلت از دشمن بیرونی، خطای راهبردی عظیمی است که ما را دچار خسارت می کند.»
در دوران هشت ساله ریاست جمهوری محمود احمدی‌نژاد گزارشهای بسیاری از اخراج دانشجویان یا بازنشستگی اجباری اساتید به اتهام فعالیت‌های سیاسی منتشر شد.
در همین رابطه محمود نبویان، عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس، روز چهارشنبه به خبرگزاری فارس گفت که خامنه‌ای چندی پیش در جمع اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی فرجی دانا را به طور مستقیم مورد خطاب قرار داده و به او گفته است که «مانع برهم خوردن جو آرام محیط‌های دانشگاهی شود».
به گفته نبویان، وزیر علوم «برخی عناصر فتنه را در مسئولیت‌هایی مستقر کرده‌است»، از جمله «وزیر پیشنهادی قبلی که رای نیاورده بود و وزیر دیگر که در اغتشاشات سخنرانی کرده بود».
اشاره نبویان به جعفر میلی‌منفرد و جعفر توفیقی است که به سمت معاون آموزشی وزارت علوم و مشاور عالی وزیر علوم منصوب شده‌اند.
مجلس ایران هم‌اکنون طرح استیضاح وزیر علوم را در دست بررسی دارد.
