پس ازادعای دولت احمدی نژاد مبنی بر اعطای دکترای افتخاری از سوی دانشگاه تاسیس شده از سوی آیت‌الله سیستانی، این مرجع تقلید اکنون اعلام کرده که هیچ ارتباطی با این دانشگاه ندارد.
همچنین این دانشگاه نیز می‌گوید که این مدرک نه دکترا، که تنها «گواهی عضویت در هیئت مشاوران علمی» است.
علیرضا ابوالفضلی، مدیر شعبه دانشگاه دارالحکمه در ایران، ۲۹ خردادماه در گفت‌و‌گو با تلویزیون جمهوری اسلامی اعلام کرد که از محمود احمدی‌نژاد دعوت شده است که به عضویت هیئت علمی این دانشگاه در بیاید که پیرو آن، دکترای افتخاری در رشته «مدیریت تحول» به وی داده شود.
وب‌سایت رسمی دولت احمدی نژاد پس از آن از دریافت «دکترای افتخاری» از سوی محمود احمدی‌نژاد خبر داد و تأکید کرد که دانشگاه دارالحکمه توسط آیت‌الله سیستانی تأسیس شده است.
پس از آن دفتر آیت‌الله سیستانی در روز ۲۹ خردادماه در پاسخ به پرس‌و‌جویی که در مورد ارتباط دانشگاه الحکمه با این مرجع تقلید صورت گرفته بود، در پاسخی که مهر این آیت‌الله را بر خود دارد آورد: «این دانشگاه – که از قرار اطلاع عنوانی بیش نیست- هیچ گونه ارتباطی با آقا ندارد و رئیس آن نیز مورد تأیید ایشان نمی‌باشد.»
